Всё просто!
Перед всеми манипуляциями сохраняете резервную копию базы данных обновляемого сайта, на случай если что-то пойдёт не так, а также копируете все файлы в архив. Если Ваш хостинг умеет (а он должен уметь) делаете эти манипуляции через хостинг панель!
Затем если мы обновляем сайт, то...
1. Копируйте все файлы новой версии на хостинг с заменой, кроме одного. Для обновления нам потребуется файл с настройками подключения к базе данных находящийся по адресу Ваш_сайт/base/danneo.setting.php Вот этот файл мы и не заменяем, а оставляем как есть.
2. Запускаете обновление базы данных командой Ваш_сайт/setup/index.php где далее соглашаетесь с условиями лицензии и жмете далее, а в следующем окне выбираете пункт обновление ну и далее всё интуитивно понятно.
Удачного обновления!